De Borobudur is opgebouwd als een grote stoepa. De basis van deze stoepa is 123 bij 123 meter. De stoepa heeft negen etages; de onderste zes zijn vierkant, de bovenste drie rond. De etages vertegenwoordigen de boeddhistische kosmos. Op de bovenste etages bevinden zich 72 kleine stoepa's, die gebouwd zijn rondom één grote centrale stoepa