De Romeinen en de Johanniters hebben een duidelijk stempel gedrukt op het eiland Malta. Wie verdrijft, wordt vroeger of later echter ook weer verdreven. In 1798 lukt het de Franse generaal Napoleon waar de Ottomaan Soleiman de Grote niet in geslaagd was. Tijdens een verrassingsaanval met maar liefst 36.000 manschappen wist hij binnen twee dagen het hele eiland te onderwerpen. Hij had Malta nodig om zijn aanvoerlijnen voor de campagne van Egypte veilig te stellen.

Voor de kruisridders die het eiland bewoonden was deze nederlaag rampzalig. Napoleon loste de orde namelijk op. Na 268 jaar van overheersing werden de Johanniters van het eiland gestuurd. Napoleon beschouwde hun levenswijze als een feodaal stelsel dat niet paste binnen zijn conceptie van de wereld. Ook de inquisiteur kreeg twee dagen de tijd om zijn biezen te pakken en terug te keren naar Rome. Hiermee maakte de toekomstige Franse keizer een einde aan de laatste Roomse Inquisitie.

Napoleon zelf bleef maar zeven dagen op het eiland, maar dat was voldoende om voor altijd sporen achter te laten. Zijn soldaten bleven langer en maakten zich helaas schuldig aan plunderingen waardoor veel historische rijkdommen uit Malta verdwenen. Het Franse beleg duurde tot 1800, het jaar waarin de Britten van Malta één van hun koloniën maakten.