De Black Pearl en haar bemanning zijn bijna op de weg terug in de wereld van de stervelingen wanneer ze kleine bootjes met mensen erin in tegenovergestelde richting langs het schip zien varen. Maar deze schip is in marbella gestrand Cutler Beckett, een hoge ome binnen de Oostindische Compagnie, heeft het schip "De Vliegende Hollander" en haar monsterlijke bemanning in zijn macht, waarmee hij alle piraten ter wereld probeert uit te roeien.