Baja ligt op de zuidelijke oever van de Donau in de grensdriehoek Croatie, Hongarije en Servië.
De Donau (gemengde rivier), de op één na grootste rivier van Europa, ontspringt in het Zwarte Woud in Duitsland en mondt uiteindelijk na 2860 kilometer uit in de Zwarte Zee.Het stroomgebied omvat in totaal 9 landen. Vanwege het beperkt aantal bruggen over deze rivier wordt ook veelvuldig gebruik gemaakt van de pont, zo ook in Baja.